Например, Вы взяли ядро MaNGOS Rev 5687+ScriptDev2 Rev 350, а база у вас UDB_0.9.3_Core_5577_SD2_323.sql, у базы и у ядра ревизия разная (5687 и 5577), лезем в mangos/sql/updates и заливаем файлы также как и базу, начиная с 5577, в нашем случае первым файлом будет 5585_mangos_gameobject_template.sql, его заливаем в базу mangos, что говорит нам первое слово после цифр, например 5632_characters.sql заливаем в базу characters.

Так же апдейтим базу scriptdev2, только апдейты лежат в \scripts-sql\Updates\, но тут уже решает все не ревизия как было раньше, а рева, например в MaNGOS Rev 5687+ScriptDev2 Rev 350 рева 350, а файл у нас был EAI_0.0.4_323.rar, значит ставим все поочередно начиная с r324_mangos.sql, первое слово после цифр –эта та база куда мы заливаем наш файл.